อังศุมาลิน เติบโตมากับแม่และยายที่บ้านริมคลองบางกอกน้อย โดยขาดความรักจากพ่อซึ่งเป็นนายทหารเรือและมีครอบครัวใหม่ เธอสนิทกับ วนัส เพื่อนชายตั้งแต่เด็ก และสัญญาจะรอเขากลับมาจากเรียนต่อที่อังกฤษ
เมื่อสงครามโลกครั้งที่ 2 เกิดขึ้น อังศุมาลินเกลียดชังทหารญี่ปุ่น โดยเฉพาะหลังรู้ว่าหมอโยชิที่เธอเคยเรียนภาษาด้วยเป็นทหารญี่ปุ่น ต่อมาเธอได้พบ โกโบริ นายทหารเรือญี่ปุ่นที่มาประจำการใกล้บ้าน แม้เธอจะประกาศเป็นศัตรู แต่โกโบริกลับตกหลุมรักและแสดงความจริงใจ ดูแลครอบครัวของเธอจนแม่และยายเอ็นดู
เหตุระเบิดทำให้โกโบริช่วยชีวิตอังศุมาลินและสารภาพรัก ข่าวลือทำให้ความสัมพันธ์ของทั้งคู่ถูกดึงมาใช้ทางการเมือง พ่อของอังศุมาลินจึงขอให้เธอยอมแต่งงานกับโกโบริเพื่อคลี่คลายสถานการณ์ เธอยอมแต่งงานทั้งที่ไม่ได้รักเขาในตอนแรก
หลังแต่งงาน ความเข้าใจผิดและเหตุการณ์รุนแรงทำให้ความสัมพันธ์ยิ่งห่างเหิน โกโบริขอย้ายไปรบที่พม่า ขณะเดียวกันอังศุมาลินตั้งครรภ์ และวนัสกลับมาในฐานะขบวนการเสรีไทย โกโบริช่วยวนัสจนรอดชีวิต แต่เกิดความเข้าใจผิดครั้งใหญ่
สุดท้าย อังศุมาลินรู้ใจตนเองว่ารักโกโบริเพียงคนเดียว แต่ไม่ทันบอกความจริง โกโบริเดินทางไปยังสถานีรถไฟบางกอกน้อยและถูกระเบิดบาดเจ็บสาหัส อังศุมาลินตามไปพบเขาท่ามกลางซากปรักหักพัง กลายเป็นโศกนาฏกรรมความรักท่ามกลางสงคราม
“คู่กรรม” คือเรื่องราวความรัก ความเสียสละ และความสูญเสีย ที่สงครามไม่เคยปรานีใคร
